Nimic din înfăptuirile acestui popor nu s-a făcut fără sudoare și fără sânge. Astfel și-au păstrat Țările Române neatârnarea, astfel s-a clădit Marea Unire din 1 Decembrie 1918, astfel s-a dus lupta
Părintele profesor Dumitru Stăniloae în temniţa comunistă (II)
Citeşte şi: Părintele profesor Dumitru Stăniloae în temniţa comunistă
După arestarea principalilor membri ai Rugului Aprins, în iunie 1958, a venit şi rândul părintelui Stăniloae. La 4 septembrie 1958, Securitatea a descins în locuinţa familiei Stăniloae de lângă Biserica „Sfântul Gheorghe”-Vechi din Bucureşti şi l-a arestat pe părinte. Părintele Stăniloae a fost anchetat în beciurile de la Ministerul Afacerilor Interne. La acuzaţiile de activitate legionară înainte de 23 august 1944, părintele a răspuns în mod categoric: „Nu am desfăşurat nici o activitate politică înainte de 23 august 1944”. La cererea anchetatorului de a se „gândi bine”, Stăniloae a reafirmat cu şi mai multă convingere: „M-am gândit bine şi menţionez că nu am fost încadrat în nici un partid sau organizaţie cu caracter politic”. Ulterior, părintele Stăniloae a fost interogat asupra relaţiei cu Sandu Tudor şi implicarea în activitatea Rugului Aprins. El a recunoscut participarea la întâlnirile duhovniceşti de la Antim şi din locuinţa profesorului Mironescu, arătând că au avut un caracter strict religios. În mod inevitabil, anchetatorii au dus cercetarea penală pe panta acuzaţiilor ideologice şi conspirative la adresa regimului, prin marotele obişnuite: „activitate legionară” şi ascultarea posturilor de radio occidentale, respectiv comentarea ştirilor de politică internaţională în speranţa unei schimbări de regim în România.
Prin Sentinţa nr. 125 din 8 noiembrie 1958 a Tribunalului Militar Bucureşti, părintele Stăniloae a fost condamnat la 5 ani muncă silnică, pentru infracţiunea de „uneltire contra ordinii sociale”. A cunoscut penitenciarele de la Jilava (noiembrie 1958 şi octombrie 1960) şi Aiud (mai 1959 şi martie 1962). O mărturie prețioasă despre perioada detenției părintelui Stăniloae în Aiud avem de la Liviu Brânzaș: „Numele părintelui Stăniloae mi-a izbit timpanul cu rezonanța unui tunet. Acum câțiva ani, când a sosit vestea că părintele Stăniloae a fost arestat și condamnat și că se află la Aiud, a fost o mare emoție în toată închisoarea. Marele teolog român în lanțuri! Pătimește împreună cu cei mai hotărâți creștini care se împotriviseră fiarei apocaliptice! Prin 1960, când eram în celulă cu Daniel Roman și Mircea Dumitrescu, am aflat că părintele profesor este într-o celulă la parter, cu niște țărani. Atunci le-am spus celor doi prieteni cât de mult doream să ajung în aceeași celulă cu părintele Stăniloae. Acum, dorința mea s-a împlinit. Ce bucurie pentru mine! Inima îmi bate cu putere. Este neîndoielnic că Dumnezeu a auzit dorința mea fierbinte și a rânduit împlinirea ei în chiar ziua Sfinților Apostoli Petru și Pavel. [...] Marea mea bucurie este că părintele Stăniloae este repartizat la [celula] 322, unde sunt și eu. [...] Eu mă îndrept spre părintele Stăniloae, care rămâne ultimul și îi spun: Sărut dreapta, Preacucernice Părinte, sunt Liviu Brânzaș, fost elev la Liceul «Samuil Vulcan», din Beiuș, și mă bucur foarte mult că am ajuns cu dumneavoastră, căci vreau să urmez Teologia. Părintele îmi întinde mâna, zâmbind cu bunătate. Se reflectă pe chipul lui bucuria prilejuită de faptul că un tânăr din fundul temniței visează să urmeze Teologia. Mă privește cu încredere și zice: «Neamul românesc a trecut prin multe momente grele în istoria sa, dar a răzbit și a biruit întotdeauna prin credința în Dumnezeu și prin speranța în triumful final al binelui. Așa se va întâmpla acum. Să răbdăm cu tărie și smerenie suferința ce ni s-a dat». Această mărturisire a părintelui suna ca un testament”.
Același pătimitor al temnițelor comuniste descrie momentele în care părintele Stăniloae ținea prelegeri de teologie: „Trebuie să beneficiez la maxim de prezența părintelui Stăniloae. Părintele se oferă să-mi țină în fiecare seară un curs de teologie. Participă și ceilalți tineri, îndeosebi Gil Ioanid. În jurul patului părintelui Stăniloae, celula ia aspectul unui amfiteatru. Toți ne așezăm, unii sus, alții jos, și ascultăm cu atenție. Părintele Stăniloae nu procedează ca părintele Ageu, care mi-a predat teologia în cel mai pur stil didactic, ci ne prezintă diverși teologi, de la Sfinții Părinți clasici la teologii ruși. Deși acum rețin mai puține amănunte, în schimb, îmi măresc viziunea teologică. Sigur că nu lipsesc momentele filocalice. Traducătorul Filocaliei în limba română este, desigur, cel mai competent în acest domeniu al nevoinței spre desăvârșire. Acum am înțeles, ceea ce până acum am intuit doar, faptul că gândirea și simțirea Sfinților Părinți este forma autentică a creștinismului. Cine vrea să cunoască despre Hristos trebuie să citească Sfânta Evanghelie. Cine vrea să-L urmeze pe Hristos, trebuie neapărat să citească scrierile Sfinților Părinți. Ei te învață din propria experiență cum se obține mântuirea”.
La 15 ianuarie 1963, părintele Stăniloae a fost eliberat din închisoarea Aiud. La puţin timp, din dispoziţia Patriarhului Justinian este angajat la Biblioteca Sfântului Sinod, iar în octombrie 1963, la Catedra de dogmatică a Institutului Teologic. Este solicitat inclusiv de către Departamentul Cultelor pentru redactarea unor lucrări de teologie în perspectiva dialogului interconfesional cu Occidentul. După 1968, este invitat la Freiburg, Heidelberg, Oxford, Paris, Strasbourg, Geneva, Tübingen, Atena, Tesalonic ş.a., pentru susţinerea unor conferinţe, şi merge la Vatican, în Grecia şi Egipt, în calitate de membru al delegaţiei Bisericii Ortodoxe Române. Din 1976 reia apariţia Filocaliei, iar în 1978 editează „Teologia dogmatică ortodoxă pentru institutele teologice”, volumele 1-3. Primeşte numeroase distincţii academice şi publică studii de teologie. În 1991 devine membru al Academiei Române. La 4 octombrie 1993 trece la cele veşnice.