În luna august 1918 s-a întrunit la Moscova Sinodul Local al Bisericii Ortodoxe Ruse, la ale cărui lucrări a luat parte şi Anastasie Gribanovschi, arhiepiscopul Chişinăului. La acest Sinod, Arhiepiscopia Chişinăului a fost ridicată la rang de Mitropolie a Basarabiei. la 26 ianuarie 1918, arhiepiscopul Anastasie a format o comisie pentru convocarea unui Sinod Local bisericesc al Republicii Moldoveneşti, spre realizarea unei vieţi bisericeşti, ca urmare a independenţei politice faţă de Imperiu. În cadrul acestei comisii s-a discutat problema raportului Bisericii basarabene faţă de cea română şi, la 7 aprilie 1918, a fost trimisă o delegaţie la mitropolitul Pimen al Moldovei. Mitropolitul Moldovei a explicat delegaţiei basarabene că prin independenţa politică a Basarabiei s-a restabilit fosta legătură canonică a Eparhiei Chişinăului şi Hotinului cu Mitropolia Moldovei şi Sucevei. După ce Anastasie s-a retras de la scaunul arhiepiscopal, Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Române a hotărât ca „P.S. Episcop al Huşilor - Nicodim - să conducă afacerile Arhiepiscopiei Chişinăului şi Hotinului până la alegerea unui titular“, menţionând că: „Odată cu trimiterea Prea Sfinţitului Nicodim, atât Sfântul Sinod, cât şi înaltul guvern au ţinut ca într-un glas să dea încredinţarea că vi se vor îndeplini cu sfinţenie toate dorinţele privitoare la autonomia bisericească de care aveţi nevoie. Încredinţarea aceasta va deveni în curând lege“. Astfel, la 16 iunie 1918, Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Române publică „Cartea Pastorală“, prin care se acordă autonomie Bisericii Basarabene. Au urmat, pe parcursul lunii august, mai multe şedinţe cu preoţi şi profesori bisericeşti, în cadrul cărora, sub conducerea lui Nicodim, s-a hotărât desfiinţarea vechilor instituţii clericale (Consistoriul duhovnicesc, Sfatul Eparhial, Consistoriul şcolar bisericesc, Administraţia ecumenică) şi înfiinţarea a două structuri noi, care corespundeau necesităţilor politico-religioase de atunci: Administraţia Centrală Eparhială a Arhiepiscopiei Chişinăului şi Hotinului şi Consistoriul Superior Eparhial.
