Pe locul neted unde se găseşte azi parcul Izvor, pe latura estică, se înălţa cu douăzeci de ani în urmă colina de la Mihai Vodă. Rămasă după schimbarea albiei Dâmboviţei ca un grui sau ca un gorgan, aceasta adăpostea mănăstirea ctitorită la sfârşitul secolului al XVI-lea de Mihai Viteazul, în chiliile căreia, începând cu secolul al XIX-lea, vor fi depozitate o parte din arhivele statului, pentru ca mai apoi, în primii ani ai secolului trecut, să se construiască în curtea acesteia clădirile noi ale Arhivelor Naţionale.
Împrejurările clădirii mănăstirii, îmbrăcate într-o aură de legendă, ne sunt povestite de cronicarul Radu Popescu în "Istoriile domnilor Ţării Rumâneşti": ajungând la urechile domnului din acea vreme, Alexandru cel Rău, că Mihai este os de domn, "au trimis cu urgie şi l-au adus la Bucureşti, şi, trecând pă lângă Biserica Albă pe vremea liturghiei şs-au rugat armaşilor să-l lase să asculte sfânta liturghieţ, şi, lăsându-l, au intrat în biserică, şi, rugându-se, s-au făgăduit lui sfetii Nicolae, fiind hramul, că, de-l va mântui, să-i facă mănăstire în numele lui, păcum au şi făcut". "Necruţând truda şi osteneala, dar nici o cheltuială", cum spune cronicarul, mănăstirea este zidită în intervalul 1591-1593, când Mihai trece de la dregătoria de ispravnic (locţiitor) al banului Craiovei la cea de ban al oraşului. Construcţia chinoviei este încheiată în 1594, conform pisaniei, şi are pe lângă biserica impozantă, în stil bizantin, şi "foarte multe chilii spre locuinţe sfinţilor bărbaţi". Însuşi patriarhul o târnoseşte. Domnul o dăruieşte cu odoare de preţ şi felurite podoabe de argint şi de aur, precum şi nenumărate pământuri şi sate. Este ridicată la rangul de stavropighie, ţinând de Patriarhia de la Constantinopol. Cinci ani mai târziu, este închinată Mănăstirii atonite Simonopetra.
Pe lângă chilii, în jurul bisericii se construiesc ziduri groase cu contraforturi, cu un turn-clopotniţă de intrare pe latura de est, care circumscriu casele domneşti, cele egumeneşti, trapeza, cuhniile (bucătăriile), aşezate peste pivniţele boltite. La porunca domnului, se ridică peste râul Dâmboviţa un pod, care face legătura cu târgul - podul Mihai Vodă, azi dispărut. În secolul al XVIII-lea, i se mai adaugă o altă construcţie, un han, a cărui situare nu se cunoaşte şi care arde la 1804.
Primele secole de la zidire
Aflată în afara oraşului propriu-zis, până târziu spre jumătatea secolului al XVIII-lea, mănăstirea este una dintre cele mai înzestrate ale oraşului şi podoabă a acestuia. Paul de Alep, trecând prin oraş în anul 1654, participă aici la Sf. Liturghie şi imortalizează în jurnalul său de călătorie remarcabilul edificiu: "Mănăstirea Sf. Nicolae, clădită de răposatul Domn Mihai Vodă, situată pe o înălţime la o parte a oraşului, întinsă şi măreaţă, cu trei turle". Un alt călător din părţile Orientului, Evliya Celebi, va remarca îndeosebi trăinicia ei, fiind ca o adevărată cetate, clădită din piatră, cu 100 de încăperi.
Trecerea timpului, diversele calamităţi - incendii, cutremure - ruinează lent ansamblul de la Mihai Vodă. Unele reparaţii s-au făcut în timpul domniei lui Alexandru Ipsilanti, în ultimul sfert al veacului al XVIII-lea, domn care ridică o nouă curte domnească, cunoscută drept Curtea Arsă, chiar în viile din preajma ei, de pe Dealul Spirii.
Ultimele două secole
La sfârşitul secolului, mănăstirea se găsea într-o stare deplorabilă, iar cutremurele care zguduie Bucureştii în 1802 şi 1838 îi produc distrugeri importante, remediate, capital, de arhimandritul Teodosie Cantopulos de la Mănăstirea Simonopetra, care reface turla cea mare, acoperită cu tinichea, celelalte două fiind restaurate în anii interbelici.
În preajma Unirii, găzduieşte un spital şi o şcoală militară, prin iniţiativa doctorului Carol Davila, iar din 1857, acesta devine Şcoala de mică chirurgie, din care se va naşte mai apoi Şcoala Naţională de Medicină şi Farmacie din Bucureşti.
Urmare a secularizării averilor mănăstireşti din 1863, mănăstirea este desfiinţată, biserica de mir revenind mahalalei omonime. În epocă se vehiculează chiar ideea demolării întregului complex, care ar fi fost înlocuit de un sanctuar dedicat lui Mihai Viteazul. Se va înfăptui, în schimb, transformarea chiliilor ce aparţineau vechii ctitorii domneşti în spaţii pentru păstrarea colecţiilor arhivelor naţionale. Procesul, îndelungat, este finalizat sub directoratul lui Dimitrie Onciul. La noua arhitectonică a complexului au contribuit nume mari ale şcolii de arhitectură românească: Cristofi Cerchez, Alexandru Băicoianu şi Petre Antonescu. Din cauza degradării, trapeza şi arhondaricul mănăstirii sunt demolate, iar în locul lor se va ridica Muzeul Arhivelor Statului, terminat în anii â20 ai secolului trecut.
După Primul Război Mondial, bisericii i se atribuie statutul de paraclis al Ordinului "Mihai Viteazul", calitate în care găzduieşte an de an manifestări în cinstea eroilor neamului, iar din 1939 intră în administraţia exclusivă a Ministerului de Război. În primele decenii ale secolului, Comisiunea Monumentelor Istorice duce o campanie de restaurare a bisericii, în care se refac turnul-clopotniţă (1939) şi cele două turle, se reconstituie turla mare, se desfiinţează pridvorul. Biserica va fi repictată în stil neobizantin de pictorul Costin Petrescu. Se vor restaura şi faţadele din cărămidă aparentă, ce fuseseră acoperite cu un strat gros de tencuială.
Centrul Civic şi nivelarea Dealului Arhivelor
În primii ani după instalarea la putere a comuniştilor, complexul de la Mihai Vodă va fi clasat ca monument istoric. În treacăt fie spus, însăşi înălţimea pe care fusese clădită mănăstirea avea valoare istorică, dovedită de campaniile de săpături arheologice întreprinse în epocă. Acestea descoperă urme de locuire încă din neolitic şi existenţa unei importante aşezări dacice între secolele I î.Hr. - I d.Hr. Poate şi de aceea, primele variante ale proiectelor pentru Centrul Civic preconizau o convieţuire între ansamblul istoric "Mihai Vodă" şi Casa Republicii, actualul Palat al Parlamentului. Ulterior s-a impus înlăturarea acestuia, astfel că în primele zile ale lunii ianuarie 1985, într-o acţiune contra cronometru, s-a început evacuarea. Memoriile înaintate autorităţilor statului de către o seamă de oameni de cultură au o finalitate fastă pentru soarta acestei biserici, care va fi totuşi cruţată. Astfel, prin pustiul de după demolări, se realizează translarea lăcaşului de cult şi a clopotniţei, sub îndrumarea inginerului Eugen Iordăchescu, în spatele noilor blocuri instituţionale construite pe chei, în proximitatea fostului amplasament al podului Mihai Vodă.
În anii '90 au existat nişte propuneri de a se recrea fostul promotoriu şi de-a readuce biserica şi clopotniţa pe vechea vatră, urmând ca mai apoi să se reconstituie şi celelalte construcţii. Acestea nu s-au materializat.
Biserica Mihai Vodă este redeschisă în 1994 şi se purcede la restaurarea picturii murale, de către pictorii Mihai şi Ştefania Stinghe. Totodată, sunt refăcute stranele şi pusă pardoseală din marmură. Osemintele ce au putut fi salvate de tăvălugul distrugerilor au fost reînhumate în curtea din strada Sapienţei.
