1955-1956, părintele Arsenie Boca în ancheta Securităţii

După revenirea de la canal a părintelui Arsenie Boca nimic nu părea să mai tulbure liniştea obştii monahale de la Prislop. La presiunea autorităţilor statului (Miliţia şi împuternicitul de la Ministerul Cultelor), însăşi stareţa mănăstirii, maica Zamfira Constantinescu, impusese un regim restrictiv de vizitare a aşezământului. Doar rudele vieţuitoarelor din mănăstire şi alţi câţiva apropiaţi ai obştii puteau cerceta Mănăstirea Prislop în timpul slujbelor care se desfăşurau după tipicul athonit. De asemenea, pentru regăsirea isihiei, părintele Arsenie prea puţin mai accepta să fie cercetat de pelerinii care vizitau Prislopul. Şi totuşi liniştea Prislopului avea să fie tulburată. La 19 septembrie 1955, părintele Arsenie Boca şi maica Zamfira Constantinescu erau arestaţi şi trimişi în beciurile Securităţii din Timişoara. Era o perioadă în care nu se mai operau arestări masive, iar din urmărirea informativă dusă împotriva celor doi monahi de la Prislop nu exista vreun mobil care să conducă la măsura reţinerii lor. În această perioadă lotul monahiilor în frunte cu părintele Ioan Iovan de la Mănăstirea Vladimireşti era în ancheta Securităţii. Dar se mai întâmplase ceva! La 18 iulie 1955 era arestat Nicolae Bordaşiu, după ce vreme de şase ani reuşise să se sustragă organelor de represiune. În 1948, tânărul teolog Bordaşiu era vizat de Securitate în lotul aşa-zişilor legionari, din care mai făceau parte Leonida Plămădeală (viitorul Mitropolit al Ardealului) și Roman Braga.

În ancheta lui Nicolae Bordaşiu se pronunţaseră numele lui Arsenie Boca şi Zamfira Constantinescu. Aceste informaţii nu făceau decât să confirme ceea ce Securitatea ştia încă din 1948-1950. În perioada studenţiei tinerii teologi Nicolae Bordaşiu, Leonida Plămădeală şi Julieta Constantinescu (viitoarea maică Zamfira) îl cercetau pe părintele Arsenie Boca în vacanţele de vară la Mănăstirea Sâmbăta. Mai apoi, după mutarea părintelui la Prislop, vremurile deveniseră vitrege pentru tinerii ucenici, acum condamnaţi în contumacie şi căutaţi de Securitate. Leonida Plămădeală, fugar, devenise monahul Antonie şi chiar vieţuise pentru puţin timp la Prislop. Tot în postura de fugar se afla Nicolae Bordaşiu, care avea să primească sprijin moral-duhovnicesc şi chiar material de la părintele Arsenie într-o întâlnire avută la Arad. De aceea, în ancheta din 1955 Arsenie Boca şi Zamfira Constantinescu au fost interogaţi atât pe tema relaţiei cu Nicolae Bordaşiu, cât şi cu alţii consideraţi legionari şi posibile legături cu Mănăstirea Vladimireşti.

De asemenea, tema apartenenţei la Mişcarea legionară a părintelui Arsenie a fost reluată, ca şi în ancheta din 1948. A mai fost interogat asupra relaţiilor cu Rugul Aprins, Nichifor Crainic, profesorii „legionari” de la Academia Teologică din Sibiu, principesa Ileana a României etc. În acelaşi timp, în legătură cu părintele Arsenie şi maica Zamfira au fost anchetaţi Nicolae Bordaşiu, Nichifor Crainic, Antonie Plămădeală, Nicolae Petraşcu (comandant al Mişcării legionare) şi apropiaţi din Deva. Beneficiind de prevederile Decretului nr. 421/1955 de amnistie, la 8 octombrie 1955 maica Zamfira a fost eliberată. În schimb, părintele Arsenie a fost purtat prin penitenciarele de la Jilava şi Oradea (din 17 decembrie 1955). A fost eliberat prin decizia Tribunalului Militar Oradea abia la 7 aprilie 1956.