Odată cu declanşarea celui de-al Doilea Război Mondial, Guvernul britanic a rechiziţionat bunurile imobile din Palestina ale statelor aflate în război cu Anglia (Germania, Italia) şi le-a trecut în administrarea unui oficiu denumit „Custodia Proprietăţilor Inamice“, iar cetăţenii acestor state au fost internaţi. Despre evenimentele care se petreceau în Ierusalim în acel timp, monahul Inochentie Moisiu, cu scrisoarea nr. 3229 din 2 mai 1941, a făcut cunoscut patriarhului Nicodim că, datorită războiului, cei doi consuli români de la Ierusalim au fost chemaţi în ţară şi ar fi vrut să vină şi el, dar n-a ştiut ce să facă cu căminul şi cu averea acestuia, căci n-a primit nici o dispoziţie de la Patriarhia din Bucureşti. A spus că, „prin îndemnul mai multor persoane şi asigurarea că nu voi fi internat, am rămas în ştirea Domnului şi în făgăduinţa de protecţie a IPS Patriarh al Ierusalimului Timoteos şi altor persoane cu trecere la Guvern“. A comunicat că nu şi-a primit salariul din luna noiembrie 1940, pierzând legătura cu ţara, şi nu mai are bani pentru întreţinerea căminului. A mai informat că se teme „să nu fie rechiziţionat căminul“ şi, ca să fie salvat, „a fost adus aici tot mobilierul Consulatului Român, cu ştirea Guvernului de la Bucureşti, iar eu am fost lăsat custode, spre a nu fi internat în lagăr“ (vezi Arhiva Consiliului Central Bisericesc, dosar 34/1941, f. 2).
La 6 decembrie 1941 însă, Anglia a declarat război României ca urmare a participării sale alături de Germania la războiul împotriva URSS, aliata Angliei contra Germaniei. După declararea stării de beligeranţă, clădirea căminului românesc din Ierusalim, cunoscută oficial sub numele de „hotel“, fiind considerată proprietate inamică, a fost rechiziţionată de Guvernul englez, cu tot inventarul existent, şi trecută în administrarea Custodiei Proprietăţilor Inamice, care a organizat acolo birouri pentru personalul C.I.D. („Criminal Investigation Department“), apoi cursuri pentru studenţii britanici aflaţi sub arme în vederea susţinerii examenelor universitare. În clădirea căminului au mai fost internaţi români aflaţi în Palestina, inclusiv călugări, şi ţinuţi sub stare de arest câteva luni de zile, până s-a dovedit că nu prezintă pericol pentru autorităţile britanice (vezi Arhiva Administraţiei Patriarhale, dosar 264 bis/1964, f. 41). Tot acolo, ziaristul român George Beza, plecat din ţară în 1941, a înfiinţat la 2 decembrie 1941, cu aprobarea autorităţilor britanice, postul de radio „Independenţa Română“, în emisiunile căruia şi-au unit glasurile împotriva nazismului intelectuali români şi evrei (vezi Arhiva Administraţiei Patriarhale, dosar 506/1965, f. 2). Pentru folosirea clădirii, ocupate din 1943 de către unele servicii ale Departamentului forestier, care încheiase un contract de închiriere, semnat şi de monahul Inochentie Moisiu, prelungit până la 1 noiembrie 1947, „Custodia a fixat o chirie de 300 lire palestiniene pe an, în contul căreia a făcut direct diferite plăţi pentru reparaţii şi întreţinere şi a achitat toate obligaţiunile faţă de stat (taxe, impozite, asigurări etc.). Din 15 februarie 1943, la cererea monahului Inochentie Moisiu, administratorul clădirii, Custodia i-a avansat în contul chiriei suma de 15 lire palestiniene lunar, adică 180 lire pe an, pentru întreţinere“ (vezi Arhiva Consiliului Central Bisericesc, dosar 21/1947, f. 1).
În ianuarie 1947, a sosit la Ierusalim arhimandritul Victorin Ursache, numit de patriarhul Nicodim Munteanu superior al Aşezămintelor româneşti de la Ierusalim şi Iordan şi reprezentant al Patriarhiei Române la Locurile Sfinte (vezi Arhiva Cabinetului Patriarhal, dosar 1/1947, f. 1), care a început demersurile pentru scoaterea căminului de sub starea de rechiziţie.
În toamna anului 1947 însă, s-a comunicat din ţară arhimandritului Victorin Ursache şi monahului Inochentie Moisiu că, din motive de economie bugetară, posturile lor, de preot şi de cântăreţ la biserica română din Ierusalim, au fost scoase din bugetul Ministerului Cultelor, pe data de 1 septembrie 1947 (vezi Arhiva Cabinetului Patriarhal, dosar 2/1948, f. 33).
Suprimându-i-se salariul, pe care nici până atunci nu-l primise din cauza evenimentelor războiului, fiind şi suferind, la sfârşitul anului 1947, monahul Inochentie Moisiu a revenit în ţară. Cu data de 1 septembrie 1948, Ministerul Cultelor a aprobat ca monahul Inochentie Moisiu să fie trecut în statele de întreţinere ale Mănăstirii Neamţ (vezi Arhiva Cabinetului Patriarhal, dosar 2/1948, f. 8). Urmare Decretului 410 din 1959, care a provocat atâtea frământări în lumea monahală, călugărul Inochentie Moisiu a părăsit mănăstirea şi s-a retras în localitatea natală, Răuceşti, unde a decedat în anul 1965, după cum a comunicat stareţul Mănăstirii Neamţ, arhimandritul Dionisie Velea, patriarhului Justinian (vezi Arhiva Administraţiei Patriarhale, dosar 339/1965, f. 89), fiind îngropat în cimitirul satului (vezi Arhimandrit Timotei Aioanei, Către lumina Învierii, în „Ziarul Lumina“, 19 aprilie 2009).